Hey Rikke,<div><br></div><div>Did you ever get a chance to pick up the aquarium silicone?</div><div><br></div><div>-Otute<br><br><div class="gmail_quote">On Wed, Apr 6, 2011 at 10:28 PM, Rolf <span dir="ltr"><<a href="mailto:rolfvw@gmail.com">rolfvw@gmail.com</a>></span> wrote:<br>

<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex;">Hey Sean,<br>
I just took a quick look at these.<br>
Such devices are mostly meant for an "on or off" kind of detection,<br>
you know, like, is the metal tab in the slot or not.<br>
<br>
It's possible it could be adapted, who knows?<br>
And it is cool that it already sets up a fixed gap.<br>
But, I think for the NIR probe, it is better to pick an<br>
emitter and detector that is matched for the IR frequencies we want.<br>
We get more specs in those datasheets too :-)<br>
Cheers,<br>
<font color="#888888">-rolf<br>
</font><div class="im"><br>
On Wed, Apr 6, 2011 at 10:35 AM, Sean Cusack <<a href="mailto:sean.p.cusack@gmail.com">sean.p.cusack@gmail.com</a>> wrote:<br>
</div><div><div></div><div class="h5">> Hey kids!<br>
><br>
> So, I was taking a peek through Jameco today to see what kinds of<br>
> phototransistors could be used for the DO sensor, and came across these cool<br>
> dillios:<br>
><br>
> <a href="https://www.jameco.com/webapp/wcs/stores/servlet/Product_10001_10001_1872986_-1" target="_blank">https://www.jameco.com/webapp/wcs/stores/servlet/Product_10001_10001_1872986_-1</a><br>
><br>
> Essentially, we've got an IR LED with a phototransistor all in one package.<br>
> Its designed to do solid object sensing, but wouldn't it be possible to use<br>
> this as our spectrophotometer? I think using this guy could solve a lot of<br>
> problems - the mount is already designed, the gap spacing is well<br>
> characterized, and everything already lines up.<br>
><br>
> Do people have experience using these kinds of things, or should I go ahead<br>
> and order a couple?<br>
><br>
> Sean<br>
><br>
> On Tue, Apr 5, 2011 at 11:56 PM, Rikke Rasmussen<br>
> <<a href="mailto:rikke.c.rasmussen@gmail.com">rikke.c.rasmussen@gmail.com</a>> wrote:<br>
>><br>
>> Hey all,<br>
>><br>
>> Thanks for a great meeting yesterday, pleasant and very informative in<br>
>> spite of weekend-wear and happy KDE people at Noiseybridge!<br>
>><br>
>> Rolf, the OP506B looks just perfect - 100% relative response at 850nm, and<br>
>> schematics so simple even I can follow them - brilliant! Ihave just been<br>
>> reading through the attached .pdf on the wonders of single-colour NIR for<br>
>> biomass measurements, published by one of Optek's competitors, mainly for<br>
>> calibration equations + curves. Also a nice basic intro to<br>
>> spectrometry, should anyone else be curious.<br>
>><br>
>> Charlie, thanks so much for the blog post - was on my way to give a<br>
>> somewhat wishy-washy update, and there was this brilliant, high-level<br>
>> discussion of thermocouples and thermistors with pics and all! Check it out,<br>
>> everyone!<br>
>> In other news, there will be both destillation and kombucha brewing and<br>
>> bottling to have fun with tomorrow night at Noisebridge, approx. 7pm - come<br>
>> hang out, help out...or both!<br>
>> /Rikke<br>
>><br>
>> On Wed, Apr 6, 2011 at 12:18 AM, Rolf <<a href="mailto:rolfvw@gmail.com">rolfvw@gmail.com</a>> wrote:<br>
>>><br>
>>> Hi Folks!<br>
>>> It was good to see everyone yesterday, and get updated on what people<br>
>>> are working on.<br>
>>> Too bad it got so noisy at Noiseybridge!<br>
>>><br>
>>> I went ahead and ordered some parts today (will expense with Rikke<br>
>>> soon) for the<br>
>>> pH amplifier.  It's going to be quite an effort.<br>
>>> I also will get some phototransistors for the NIR probe.<br>
>>><br>
>>> I found some parts that are well matched for the 850nm IR LEDs that I<br>
>>> brought in<br>
>>> yesterday.  It's the Optek OP506B.  They cost 80 cents each.<br>
>>> A very simple circuit is required around it, and it might even work<br>
>>> with a couple<br>
>>> resistors.<br>
>>> I think the probe will require 3 wires:  +5v power, signal output, and<br>
>>> GND (hopefully shielded).<br>
>>><br>
>>> If these parts work, then the mechanicals should be straightforward.<br>
>>> The LED and the detector are both 3mm LED-like packages.<br>
>>> This should make it easier to design a probe around it.<br>
>>><br>
>>> Cheers,<br>
>>> -rolf<br>
>>><br>
>>><br>
>>> On Sun, Apr 3, 2011 at 1:37 AM, Rikke Rasmussen<br>
>>> <<a href="mailto:rikke.c.rasmussen@gmail.com">rikke.c.rasmussen@gmail.com</a>> wrote:<br>
>>> > Hey all,<br>
>>> > Welcome to the Biobridge mailing list! By way of introduction, here's a<br>
>>> > quick update on present status and future plans for the BioBridge<br>
>>> > group.<br>
>>> > Our current project, the BioBoard, one of the entries in the Great<br>
>>> > Global<br>
>>> > Hackerspace Challenge, is coming along really nicely. For any<br>
>>> > subscribers<br>
>>> > unfamiliar with the project, we're basically building a bunch of<br>
>>> > different<br>
>>> > sensors (temp., pH, dissolved oxygen, NIR spectrometer), hooking them<br>
>>> > up to<br>
>>> > a microcontroller and transmitting the sensor data to a server<br>
>>> > somewhere<br>
>>> > with a web app that plots a nice graph for you so you can monitor your<br>
>>> > microbial culture in real time from the comfort of your couch.<br>
>>> > What we've got so far:<br>
>>> > Sensors<br>
>>> > - thermometer: 2 different set-ups (one-wire digital thermometer,<br>
>>> > thermistor), both functional (yay!) - Charlie's the man here<br>
>>> > - pH: several leads, and at least two good brains chippin' away at the<br>
>>> > problem  - Rolf and Otute are the dudes on the job<br>
>>> > - dO: solvent sandwiched in a cheap and beautiful mylar/vinyl bilayer,<br>
>>> > catalyst to arrive on Thursday - Sean's got it down<br>
>>> > - NIR: have a fairly decent plan for the LED/photosensor part, but need<br>
>>> > help<br>
>>> > regarding circuitry and wiring - Rikke's fumbling with this one<br>
>>> > Microcontroller<br>
>>> > - Arduino board + ethernet shield have been successfully delivered to<br>
>>> > Marc<br>
>>> > (I hope?)<br>
>>> > - alternative suggestions have come up, we'll go through the pros and<br>
>>> > cons<br>
>>> > of each on Monday<br>
>>> > Software<br>
>>> > - we've been given an Arduino sketch for above assembly<br>
>>> > Project group meetings are on Mondays at 7:30pm at Noisebridge, (new)<br>
>>> > deadline is March 3rd. Current plan is another 2 weeks of sensor<br>
>>> > building,<br>
>>> > then a week of assembling and testing and a final week of fine tuning<br>
>>> > the<br>
>>> > final product. All of this ends in a big finale at Maker Faire (where<br>
>>> > Biobridge will hopefully also be represented at the Noisebridge table<br>
>>> > at<br>
>>> > least some of the time), May 21st-22nd.<br>
>>> > Once Maker Faire is over, it is my hope that we can start hosting<br>
>>> > regular<br>
>>> > classes at Noisebridge - both theoretical (intro to general<br>
>>> > microbiology,<br>
>>> > specific aspects of bacteriology/mycology/phycology as relevant,<br>
>>> > biochemistry/molecular biology/genetics, ecology & evolution) and<br>
>>> > practical<br>
>>> > (aerobic/anaerobic fermentation, bacterial/algal cultivation, mushroom<br>
>>> > growing, selection/mutagenesis/mating group experiments, basic<br>
>>> > transformation, whatever else we think of or find someone to teach)<br>
>>> > ...in<br>
>>> > short, all the fun we can have with microbes. We might well use the<br>
>>> > wiki to<br>
>>> > plan this - all input is valued!<br>
>>> >  Thoughts, ideas, comments?<br>
>>> > /Rikke<br>
>>> > _______________________________________________<br>
>>> > Bio mailing list<br>
>>> > <a href="mailto:Bio@lists.noisebridge.net">Bio@lists.noisebridge.net</a><br>
>>> > <a href="https://www.noisebridge.net/mailman/listinfo/bio" target="_blank">https://www.noisebridge.net/mailman/listinfo/bio</a><br>
>>> ><br>
>>> ><br>
>>> _______________________________________________<br>
>>> Bio mailing list<br>
>>> <a href="mailto:Bio@lists.noisebridge.net">Bio@lists.noisebridge.net</a><br>
>>> <a href="https://www.noisebridge.net/mailman/listinfo/bio" target="_blank">https://www.noisebridge.net/mailman/listinfo/bio</a><br>
>><br>
>><br>
>> _______________________________________________<br>
>> Bio mailing list<br>
>> <a href="mailto:Bio@lists.noisebridge.net">Bio@lists.noisebridge.net</a><br>
>> <a href="https://www.noisebridge.net/mailman/listinfo/bio" target="_blank">https://www.noisebridge.net/mailman/listinfo/bio</a><br>
>><br>
><br>
><br>
> _______________________________________________<br>
> Bio mailing list<br>
> <a href="mailto:Bio@lists.noisebridge.net">Bio@lists.noisebridge.net</a><br>
> <a href="https://www.noisebridge.net/mailman/listinfo/bio" target="_blank">https://www.noisebridge.net/mailman/listinfo/bio</a><br>
><br>
><br>
_______________________________________________<br>
Bio mailing list<br>
<a href="mailto:Bio@lists.noisebridge.net">Bio@lists.noisebridge.net</a><br>
<a href="https://www.noisebridge.net/mailman/listinfo/bio" target="_blank">https://www.noisebridge.net/mailman/listinfo/bio</a><br>
</div></div></blockquote></div><br></div>