<html><body><div style="color:#000; background-color:#fff; font-family:arial, helvetica, sans-serif;font-size:12pt"><div><span>During the fermentation process, the wood/molasses slurry has dropped to a pH of 4.8 by day 2 of the fermentation, the exact pH I was planning on dropping the fruiting substrate with citric acid.  I looks like the fermenting pretty much takes care of the initial pH drop all on it's own.  I will make sure that the Spawn Mate doesn't increase the pH too much in a small experiment before adding it to the whole substrate, but I do plan on using the Spawn Mate rather than the rice bran I used last successful grow.  That is mostly because I don't think it matters and I threw the rice bran out as it was supporting some moths.  Besides the supplementation choice wasn't the reason for the previous failures; rather, dropping the pH way too low was the culprit, I would bet on

 it.<br></span></div><div><br><span></span></div><div><span>Roger</span></div><div><br><span></span></div><div><span>PS - Here's a funny anecdote: after I opened the 20-gallon Brute trash can to check the pH of the wood slurry, I went over to my reef tank to get the pH probe.  As I walked away from the trashcan, I jokingly said our little 6-moth-old kitten is probably going to jump in it or something as he's been jumping into strange things lately.  Ironically just a few seconds after I said that, the kitten DID jump in the trashcan.  I wouldn't have believed it if I had not seen it for myself, but he somehow jumped out of the slurry without sinking into it.  It was like he could walk on water, although he did get some molasses-covered woodchips on him.  Unfortunately for him he had to take a shower (not his favorite thing to do to say the least)<br></span></div><div><span><br></span></div><div><br></div><div style="font-family:

 arial, helvetica, sans-serif; font-size: 12pt;"><div style="font-family: times new roman, new york, times, serif; font-size: 12pt;"><font face="Arial" size="2"><hr size="1"><b><span style="font-weight:bold;">From:</span></b> Frantisek Apfelbeck <algoldor@yahoo.com><br><b><span style="font-weight: bold;">To:</span></b> "bio@lists.noisebridge.net" <bio@lists.noisebridge.net><br><b><span style="font-weight: bold;">Cc:</span></b> "domitron@yahoo.com" <domitron@yahoo.com><br><b><span style="font-weight: bold;">Sent:</span></b> Wednesday, November 9, 2011 3:48 AM<br><b><span style="font-weight: bold;">Subject:</span></b> RE:[Bio] pH discovery that explains why my Stipticus experiments     are    probably failing<br></font><br>

<div id="yiv1230550470"><div><div style="color:#000;background-color:#fff;font-family:bookman old style, new york, times, serif;font-size:12pt;"><div>Message: 2<br>Date: <span class="yiv1230550470yshortcuts" id="yiv1230550470lw_1320838195_23">Tue, 8 Nov 2011 20:36:14 -0800</span> (PST)<br>From: Roger H <<a rel="nofollow" ymailto="mailto:domitron@yahoo.com" target="_blank" href="mailto:domitron@yahoo.com"><span class="yiv1230550470yshortcuts" id="yiv1230550470lw_1320838195_24">domitron@yahoo.com</span></a>><br>Subject: [Bio] pH discovery that explains why my Stipticus experiments<br>    are    probably failing<br>To: Rikke Rasmussen <<a rel="nofollow" ymailto="mailto:rikke.c.rasmussen@gmail.com" target="_blank" href="mailto:rikke.c.rasmussen@gmail.com">rikke.c.rasmussen@gmail.com</a>>,    Matthew Downs<br>    <<a rel="nofollow" ymailto="mailto:downs.matt@gmail.com" target="_blank"

 href="mailto:downs.matt@gmail.com">downs.matt@gmail.com</a>><br>Cc: "<a rel="nofollow" ymailto="mailto:tastebridge@lists.noisebridge.net" target="_blank" href="mailto:tastebridge@lists.noisebridge.net">tastebridge@lists.noisebridge.net</a>"<br>    <<a rel="nofollow" ymailto="mailto:tastebridge@lists.noisebridge.net" target="_blank" href="mailto:tastebridge@lists.noisebridge.net">tastebridge@lists.noisebridge.net</a>>,    "<a rel="nofollow" ymailto="mailto:bio@lists.noisebridge.net" target="_blank" href="mailto:bio@lists.noisebridge.net">bio@lists.noisebridge.net</a>"<br>    <<a rel="nofollow" ymailto="mailto:bio@lists.noisebridge.net" target="_blank" href="mailto:bio@lists.noisebridge.net">bio@lists.noisebridge.net</a>><br>Message-ID:<br>    <<a rel="nofollow" ymailto="mailto:1320813374.28901.YahooMailNeo@web83008.mail.mud.yahoo.com" target="_blank"

 href="mailto:1320813374.28901.YahooMailNeo@web83008.mail.mud.yahoo.com"><span class="yiv1230550470yshortcuts" id="yiv1230550470lw_1320838195_25">1320813374.28901.YahooMailNeo@web83008.mail.mud.yahoo.com</span></a>><br>Content-Type: text/plain; charset="iso-8859-1"<br><br>I

 believe I have discovered my mistake in growing the Stipticus. The 

starting pH of a wood-decomposing substrate should be higher than the 

growth pH.? White-rot wood-rotting fungi such as Stipticus decrease pH 

through the release of oxalic acid.? The starting pH in the research 

paper I found online* suggests that the fungi is well accustomed to a 

starting wood pH of around 5.1, which a white-rot fungus takes to 3.9 

(ideal is 3.5-3.8 in this species).? Thus by me starting the pH of the 

liquid culture at 3.8, the fungus probably cannot grow to release oxalic

 acid to lower the pH as it does in nature.? And my Burning Man 2007 

bags DID start at a pH of about 5, actually by mistake according to my 

notes!? So, I think I have solved the problem of why nothing is working 

when I lower the pH to the optimal growth pH.? I will start a new liquid

 culture at a pH of 5.0 and bags accordingly and allow the fungus to 

lower the pH to the ideal growth level as it<br> does in nature.</div><div><br>Roger<br><br>* See: <a rel="nofollow" target="_blank" href="http://les.bf.uni-lj.si/fileadmin/datoteke_asistentov/mhumar/clanki/2001_pHafterdecay_holz_als_roh.pdf"><span class="yiv1230550470yshortcuts" id="yiv1230550470lw_1320838195_26">http://les.bf.uni-lj.si/fileadmin/datoteke_asistentov/mhumar/clanki/2001_pHafterdecay_holz_als_roh.pdf</span></a><br><br>PSS

 - A 4% dextrose/light malt liquid culture as I was using is around 5.3 

pH without anything added.? Under these conditions the mycelium was 

growing very well, which correlates with my hunch that I should not be 

dropping the pH to the optimal growth-stage pH but rather let the 

mycelium handle the drop.<br></div><div><br></div><div>>> Hello,</div><div>>> In my experiments with lignocellulose degrading fungus Talaromyces emersonii the growing pH is 5.5 and I do not think that we were adding buffer (materials and methods are copied below). Many fungal enzymes work fine to pH below 3, lots of times the activities would be really good around pH 4-5. I'm not sure about growing conditions of this particular strand but I would assume lower pH than 7 for start of the cultivation, and to be honest I would expect growing pH to be around 4.5 - 6 with the natural course getting more acidic.</div><div><br></div><div>>> Anyway I'm curious about the next experiment.</div><div>>> Sincerely,</div><div>>> Frantisek</div><div><br></div><div>

        <style type="text/css">

<!--

 _filtered #yiv1230550470 {margin:0.79in;}

#yiv1230550470 P {margin-bottom:0.08in;}

-->

</style>

<div style="margin-bottom:0in;line-height:150%;" lang="en-IE">

<font face="Times New Roman, serif"><font size="3"><b>2.2.2 Fungal

Cultivation and Enzyme production (Talaromyces emersonii)<br></b></font></font></div>

<div style="margin-bottom:0in;line-height:150%;"><font face="Times New Roman, serif"><font size="3"><span lang="en-IE">Inocula

for these studies were taken from laboratory stocks of the

microorganism and were routinely subcultured, at 45</span></font></font><sup><font face="Times New Roman, serif"><font size="3"><span lang="en-IE">o</span></font></font></sup><font face="Times New Roman, serif"><font size="3"><span lang="en-IE">C,

on Sabouraud Dextrose Agar (SDA)  in the form of plate culture. 

</span></font></font><font color="#000000"><font face="Times New Roman, serif"><font size="3"><span lang="en-IE">Longer

term preservation was achieved by storing 1 cm</span></font></font></font><font color="#000000"><sup><font face="Times New Roman, serif"><font size="3"><span lang="en-IE">2</span></font></font></sup></font><font color="#000000"><font face="Times New Roman, serif"><font size="3"><span lang="en-IE">

pieces of mycelial mat, in a sterile solution of 20% (v/v) glycerol,

at -70</span></font></font></font><font color="#000000"><sup><font face="Times New Roman, serif"><font size="3"><span lang="en-IE">o</span></font></font></sup></font><font color="#000000"><font face="Times New Roman, serif"><font size="3"><span lang="en-IE">C

(typically 3-4 pieces per 10 </span></font></font></font><font color="#000000"><font face="Times New Roman, serif"><font size="3"><span lang="en-IE">mL</span></font></font></font><font color="#000000"><font face="Times New Roman, serif"><font size="3"><span lang="en-IE">

aliquot of 20% (v/v) glycerol; Tuohy </span></font></font></font><font color="#000000"><font face="Times New Roman, serif"><font size="3"><span lang="en-IE"><i>et

al</i></span></font></font></font><font color="#000000"><font face="Times New Roman, serif"><font size="3"><span lang="en-IE">.,

1990). Liquid cultures of </span></font></font></font><font color="#000000"><font face="Times New Roman, serif"><font size="3"><span lang="en-IE"><i>Talaromyces

emersonii</i></span></font></font></font><font color="#000000"><font face="Times New Roman, serif"><font size="3"><span lang="en-IE">

IMI 393751, were grown at 45<font color="#000000"><font face="Times New Roman, serif"><font size="3"><span lang="en-IE">o<font color="#000000"><font face="Times New Roman, serif"><font size="3"><span lang="en-IE">C,

in the mineral/salts inducing medium described by Moloney </span></font></font></font><font color="#000000"><font face="Times New Roman, serif"><font size="3"><span lang="en-IE"><i>et

al</i></span></font></font></font><font color="#000000"><font face="Times New Roman, serif"><font size="3"><span lang="en-IE">.,

(1983), with inclusion of the appropriate carbon source. This medium

contained corn steep liquor (0.5% w/v), yeast extract (0.1% w/v),

KH</span></font></font></font><font color="#000000"><sub><font face="Times New Roman, serif"><font size="3"><span lang="en-IE">2</span></font></font></sub></font><font color="#000000"><font face="Times New Roman, serif"><font size="3"><span lang="en-IE">PO</span></font></font></font><font color="#000000"><sub><font face="Times New Roman, serif"><font size="3"><span lang="en-IE">4</span></font></font></sub></font><font color="#000000"><font face="Times New Roman, serif"><font size="3"><span lang="en-IE">

(0.5% w/v), and (NH</span></font></font></font><font color="#000000"><sub><font face="Times New Roman, serif"><font size="3"><span lang="en-IE">4</span></font></font></sub></font><font color="#000000"><font face="Times New Roman, serif"><font size="3"><span lang="en-IE">)</span></font></font></font><font color="#000000"><sub><font face="Times New Roman, serif"><font size="3"><span lang="en-IE">2</span></font></font></sub></font><font color="#000000"><font face="Times New Roman, serif"><font size="3"><span lang="en-IE">SO</span></font></font></font><font color="#000000"><sub><font face="Times New Roman, serif"><font size="3"><span lang="en-IE">4

</span></font></font></sub></font><font color="#000000"><font face="Times New Roman, serif"><font size="3"><span lang="en-IE">(1.5%

w/v) as a source of inorganic nitrogen. Trace mineral salts

FeSO</span></font></font></font><font color="#000000"><sub><font face="Times New Roman, serif"><font size="3"><span lang="en-IE">4</span></font></font></sub></font><font color="#000000"><font face="Times New Roman, serif"><font size="3"><span lang="en-IE">.7H</span></font></font></font><font color="#000000"><sub><font face="Times New Roman, serif"><font size="3"><span lang="en-IE">2</span></font></font></sub></font><font color="#000000"><font face="Times New Roman, serif"><font size="3"><span lang="en-IE">O

(62.5 mg/l),

ZnSO<font color="#000000"><font face="Times New Roman, serif"><font size="3"><span lang="en-IE">4<font color="#000000"><font face="Times New Roman, serif"><font size="3"><span lang="en-IE">.7H<font color="#000000"><font face="Times New Roman, serif"><font size="3"><span lang="en-IE">2<font color="#000000"><font face="Times New Roman, serif"><font size="3"><span lang="en-IE">O,

H<font color="#000000"><font face="Times New Roman, serif"><font size="3"><span lang="en-IE">3<font color="#000000"><font face="Times New Roman, serif"><font size="3"><span lang="en-IE">BO<font color="#000000"><font face="Times New Roman, serif"><font size="3"><span lang="en-IE">3<font color="#000000"><font face="Times New Roman, serif"><font size="3"><span lang="en-IE">,

MnSO<font color="#000000"><font face="Times New Roman, serif"><font size="3"><span lang="en-IE">4<font color="#000000"><font face="Times New Roman, serif"><font size="3"><span lang="en-IE">.4H<font color="#000000"><font face="Times New Roman, serif"><font size="3"><span lang="en-IE">2<font color="#000000"><font face="Times New Roman, serif"><font size="3"><span lang="en-IE">O,

Na<font color="#000000"><font face="Times New Roman, serif"><font size="3"><span lang="en-IE">2<font color="#000000"><font face="Times New Roman, serif"><font size="3"><span lang="en-IE">MoO<font color="#000000"><font face="Times New Roman, serif"><font size="3"><span lang="en-IE">4<font color="#000000"><font face="Times New Roman, serif"><font size="3"><span lang="en-IE">,

CoCl</span></font></font></font><font color="#000000"><sub><font face="Times New Roman, serif"><font size="3"><span lang="en-IE">3</span></font></font></sub></font><font color="#000000"><font face="Times New Roman, serif"><font size="3"><span lang="en-IE">.6H</span></font></font></font><font color="#000000"><sub><font face="Times New Roman, serif"><font size="3"><span lang="en-IE">2</span></font></font></sub></font><font color="#000000"><font face="Times New Roman, serif"><font size="3"><span lang="en-IE">O

and KI (all at a concentration of 12.5 mg/</span></font></font></font><font color="#000000"><font face="Times New Roman, serif"><font size="3"><span lang="en-IE">mL</span></font></font></font><font color="#000000"><font face="Times New Roman, serif"><font size="3"><span lang="en-IE">)

were included in the medium. MgSO</span></font></font></font><font color="#000000"><sub><font face="Times New Roman, serif"><font size="3"><span lang="en-IE">4</span></font></font></sub></font><font color="#000000"><font face="Times New Roman, serif"><font size="3"><span lang="en-IE">.7H</span></font></font></font><font color="#000000"><sub><font face="Times New Roman, serif"><font size="3"><span lang="en-IE">2</span></font></font></sub></font><font color="#000000"><font face="Times New Roman, serif"><font size="3"><span lang="en-IE">O

(0.05% w/v), CaCl</span></font></font></font><font color="#000000"><sub><font face="Times New Roman, serif"><font size="3"><span lang="en-IE">2</span></font></font></sub></font><font color="#000000"><font face="Times New Roman, serif"><font size="3"><span lang="en-IE">.2H</span></font></font></font><font color="#000000"><sub><font face="Times New Roman, serif"><font size="3"><span lang="en-IE">2</span></font></font></sub></font><font color="#000000"><font face="Times New Roman, serif"><font size="3"><span lang="en-IE">O

(0.05% w/v), and anhydrous Na</span></font></font></font><font color="#000000"><sub><font face="Times New Roman, serif"><font size="3"><span lang="en-IE">2</span></font></font></sub></font><font color="#000000"><font face="Times New Roman, serif"><font size="3"><span lang="en-IE">SO</span></font></font></font><font color="#000000"><sub><font face="Times New Roman, serif"><font size="3"><span lang="en-IE">4</span></font></font></sub></font><font color="#000000"><font face="Times New Roman, serif"><font size="3"><span lang="en-IE">

(0.10% w/v), were added to the medium, as described earlier (Moloney

</span></font></font></font><font color="#000000"><font face="Times New Roman, serif"><font size="3"><span lang="en-IE"><i>et

al</i></span></font></font></font><font color="#000000"><font face="Times New Roman, serif"><font size="3"><span lang="en-IE">.,

1983). The medium was sterilized by autoclaving at 121</span></font></font></font><font color="#000000"><sup><font face="Times New Roman, serif"><font size="3"><span lang="en-IE">o</span></font></font></sup></font><font color="#000000"><font face="Times New Roman, serif"><font size="3"><span lang="en-IE">C,

15 p.s.i. for 20 min.. </span></font></font></font>

</div>

<div style="margin-bottom:0in;line-height:150%;" lang="en-IE">

<br>

</div>

<div style="margin-bottom:0in;line-height:150%;"><font color="#000000"><font face="Times New Roman, serif"><font size="3"><span lang="en-IE">Glucose

‘starter’ cultures were prepared by aseptically inoculating

sterile medium containing 2.0% (w/v) glucose (generally 100 </span></font></font></font><font color="#000000"><font face="Times New Roman, serif"><font size="3"><span lang="en-IE">mL</span></font></font></font><font style="font-size:8pt;" size="1"><font color="#000000"></font></font><font color="#000000"><font face="Times New Roman, serif"><font size="3"><span lang="en-IE">

nutrient medium with 2 g glucose per 250 </span></font></font></font><font color="#000000"><font face="Times New Roman, serif"><font size="3"><span lang="en-IE">mL</span></font></font></font><font color="#000000"><font face="Times New Roman, serif"><font size="3"><span lang="en-IE">

Erlenmeyer flask), with 2-3 1 cm</span></font></font></font><font color="#000000"><sup><font face="Times New Roman, serif"><font size="3"><span lang="en-IE">2</span></font></font></sup></font><font color="#000000"><font face="Times New Roman, serif"><font size="3"><span lang="en-IE">

pieces of mycelial mat taken from the outer edges of actively growing

agar-plate cultures. Samples, 10% (v/v) from 24-36 h ‘starter’

cultures served as inocula for primary induction media, which was

prepared as described above, with the inclusion of the appropriate

carbon source. Primary induction cultures were grown under the same

conditions for 36 h. A further induction cycle was repeated

(secondary induction, using a 10% </span></font></font></font><font color="#000000"><font face="Times New Roman, serif"><font size="3"><span lang="en-IE">mL</span></font></font></font><font color="#000000"><font face="Times New Roman, serif"><font size="3"><span lang="en-IE">

(v/v) inoculum (taken from the primary induction culture)), for the

purpose of screening or fermentation scale-up. In the various

induction studies, the carbon source substrate was added at

concentration 2.0% (w/v). After induction with various carbon

sources,</span></font></font></font><font face="Times New Roman, serif"><font size="3"><span lang="en-IE">

the culture filtrates (which would contain secreted enzymes) were

recovered by filtration of the culture broth  through several layers

of fine grade muslin to remove the fungal biomass or mycelia. The

crude filtrate was centrifuged at 4000 </span></font></font><font face="Times New Roman, serif"><font size="3"><span lang="en-IE"><i>g</i></span></font></font><font face="Times New Roman, serif"><font size="3"><span lang="en-IE">

in Du Pont </span></font></font><font color="#000000"><font face="Times New Roman, serif"><font size="3"><span lang="en-IE">RC-58

Refrigerated Superspeed Centrifuge fitted with GSA rotor. The

supernatant fraction, hereinafter referred to as thermozymes or

thermozyme cocktail, was stored at 4</span></font></font></font><font color="#000000"><sup><font face="Times New Roman, serif"><font size="3"><span lang="en-IE">o</span></font></font></sup></font><font color="#000000"><font face="Times New Roman, serif"><font size="3"><span lang="en-IE">C,

if not for immediate use.</span></font></font></font></div>

 </div><div><br></div><div><br></div><div>-------------- next part --------------<br>An HTML attachment was scrubbed...<br>URL: <a rel="nofollow" target="_blank" href="http://www.noisebridge.net/pipermail/bio/attachments/20111108/6da11a48/attachment-0001.htm"><span class="yiv1230550470yshortcuts" id="yiv1230550470lw_1320838195_27">http://www.noisebridge.net/pipermail/bio/attachments/20111108/6da11a48/attachment-0001.htm</span></a> <br></div><div><br></div><div style="font-family:bookman old style, new york, times, serif;font-size:12pt;"><div style="font-family:times new roman, new york, times, serif;font-size:12pt;"><font face="Arial" size="2"><hr size="1"><b><span style="font-weight:bold;">From:</span></b> "bio-request@lists.noisebridge.net" <bio-request@lists.noisebridge.net><br><b><span style="font-weight:bold;">To:</span></b> bio@lists.noisebridge.net<br><b><span style="font-weight:bold;">Sent:</span></b> Wednesday, November 9, 2011 9:04

 AM<br><b><span style="

font-weight:bold;">Subject:</span></b> Bio Digest, Vol 8, Issue 3<br></font><br>

Send Bio mailing list submissions to<br>    <a rel="nofollow" ymailto="mailto:bio@lists.noisebridge.net" target="_blank" href="mailto:bio@lists.noisebridge.net">bio@lists.noisebridge.net</a><br><br>To subscribe or unsubscribe via the World Wide Web, visit<br>    <a rel="nofollow" target="_blank" href="https://www.noisebridge.net/mailman/listinfo/bio">https://www.noisebridge.net/mailman/listinfo/bio</a><br>or, via email, send a message with subject or body 'help' to<br>    <a rel="nofollow" ymailto="mailto:bio-request@lists.noisebridge.net" target="_blank" href="mailto:bio-request@lists.noisebridge.net">bio-request@lists.noisebridge.net</a><br><br>You can reach the person managing the list at<br>    <a rel="nofollow" ymailto="mailto:bio-owner@lists.noisebridge.net" target="_blank" href="mailto:bio-owner@lists.noisebridge.net">bio-owner@lists.noisebridge.net</a><br><br>When replying, please edit

 your Subject line so it is more specific<br>than "Re: Contents of Bio digest..."<br><br><br>Today's

 Topics:<br><br>   1. Re: Bio Digest, Vol 8, Issue 2 (Ethan Chew)<br>   2. pH discovery that explains why my Stipticus experiments are<br>      probably failing (Roger H)<br>   3. Re: pH discovery that explains why my Stipticus experiments<br>      are probably failing (miloh)<br>   4. Re: pH discovery that explains why my Stipticus experiments<br>      are probably failing (Roger H)<br><br><br>----------------------------------------------------------------------<br><br>Message: 1<br>Date: Tue, 8 Nov 2011 14:56:41 -0600<br>From: Ethan Chew <<a rel="nofollow" ymailto="mailto:spacefelix@gmail.com" target="_blank" href="mailto:spacefelix@gmail.com">spacefelix@gmail.com</a>><br>Subject: Re: [Bio] Bio Digest, Vol 8, Issue 2<br>To: <a rel="nofollow" ymailto="mailto:bio@lists.noisebridge.net" target="_blank"

 href="mailto:bio@lists.noisebridge.net">bio@lists.noisebridge.net</a><br>Message-ID:<br>   

 <CACr872wUt5S3oG=dfjwrOytvwrC2Duy7bDpN_8EmPj=zQ=<a rel="nofollow" ymailto="mailto:vscA@mail.gmail.com" target="_blank" href="mailto:vscA@mail.gmail.com">vscA@mail.gmail.com</a>><br>Content-Type: text/plain; charset="iso-8859-1"<br><br>Hello,<br><br>      Is there a means by which I could telecon into the meeting?  I am<br>based in Huntsville, AL and would like to learn more about mycoremediation.<br> Please let me know.<br><br>        - Ethan<br><br>On Tue, Nov 8, 2011 at 2:00 PM, <<a rel="nofollow" ymailto="mailto:bio-request@lists.noisebridge.net" target="_blank" href="mailto:bio-request@lists.noisebridge.net">bio-request@lists.noisebridge.net</a>> wrote:<br><br>> Send Bio mailing list submissions to<br>>        <a rel="nofollow" ymailto="mailto:bio@lists.noisebridge.net" target="_blank" href="mailto:bio@lists.noisebridge.net">bio@lists.noisebridge.net</a><br>><br>> To

subscribe or unsubscribe via the World Wide Web, visit >        <a rel="nofollow" target="_blank" href="https://www.noisebridge.net/mailman/listinfo/bio">https://www.noisebridge.net/mailman/listinfo/bio</a> > or, via email, send a message with subject or body 'help' to >        <a rel="nofollow" ymailto="mailto:bio-request@lists.noisebridge.net" target="_blank" href="mailto:bio-request@lists.noisebridge.net">bio-request@lists.noisebridge.net</a> > > You can reach the person managing the list at >        <a rel="nofollow" ymailto="mailto:bio-owner@lists.noisebridge.net" target="_blank" href="mailto:bio-owner@lists.noisebridge.net">bio-owner@lists.noisebridge.net</a> > > When replying, please edit your Subject line so it is more specific > than "Re: Contents of Bio digest..." > > > Today's Topics: > >   1.

 mycoremediation (Nevada M.)<br>><br>><br>> ----------------------------------------------------------------------<br>><br>> Message: 1<br>> Date: Mon, 7

 Nov 2011 23:34:49 -0800<br>> From: "Nevada M." <<a rel="nofollow" ymailto="mailto:bramble.greenbrier@gmail.com" target="_blank" href="mailto:bramble.greenbrier@gmail.com">bramble.greenbrier@gmail.com</a>><br>> Subject: [Bio] mycoremediation<br>> To: Matthew Downs <<a rel="nofollow" ymailto="mailto:downs.matt@gmail.com" target="_blank" href="mailto:downs.matt@gmail.com">downs.matt@gmail.com</a>><br>> Cc: "<a rel="nofollow" ymailto="mailto:tastebridge@lists.noisebridge.net" target="_blank" href="mailto:tastebridge@lists.noisebridge.net">tastebridge@lists.noisebridge.net</a>"<br>>        <<a rel="nofollow" ymailto="mailto:tastebridge@lists.noisebridge.net" target="_blank" href="mailto:tastebridge@lists.noisebridge.net">tastebridge@lists.noisebridge.net</a>>,    <a rel="nofollow" ymailto="mailto:bio@lists.noisebridge.net" target="_blank"

 href="mailto:bio@lists.noisebridge.net">bio@lists.noisebridge.net</a><br>> Message-ID:<br>>        <CAJz_BgYAs=jJw_eK6a=<a rel="nofollow" ymailto="mailto:if5RWFeTyR5tHs9VTMZJkfXAQOuZtGA@mail.gmail.com" target="_blank" href="mailto:if5RWFeTyR5tHs9VTMZJkfXAQOuZtGA@mail.gmail.com">if5RWFeTyR5tHs9VTMZJkfXAQOuZtGA@mail.gmail.com</a><br>> ><br>> Content-Type: text/plain; charset="iso-8859-1"<br>><br>> Hey folks,<br>><br>> So I haven't had the time to follow up on getting resources on<br>> mycoremediation from the folks who put together the radical mycology<br>> convergence up in Washington state earlier this year (though the<br>> convergence do have a webpage with links and stuff on it).  However, I just<br>> came across a mention that there is currently a radical mycology group<br>> meeting on a weekly basis in the East Bay, which is "studying the role of<br>> mushrooms in

 decomposition, bioremediation, and human culture."  That might<br>> be a good place for folks to go to get connected with others who have<br>> interests along those lines.  The

 group is meeting every Saturdays at 2pm<br>> (Nov 5th, Nov 19th, Dec 3rd and Dec 17th are the meetings currently<br>> submitted to the East Bay Free Skool calendar).  The meetings happen at the<br>> Long Haul, 3124 Shattuck @ Woolsey which is I believe one block into the<br>> city of Berkeley.  The meetings are being hosted by Joey, 805 813 2099.<br>><br>> Cheers,<br>><br>><br>><br>> Nevada<br>> -------------- next part --------------<br>> An HTML attachment was scrubbed...<br>> URL:<br>> http://www.noisebridge.net/pipermail/bio/attachments/20111107/259d8d29/attachment-0001.htm<br>><br>> ------------------------------<br>><br>> _______________________________________________<br>> Bio mailing list<br>> <a rel="nofollow" ymailto="mailto:Bio@lists.noisebridge.net" target="_blank" href="mailto:Bio@lists.noisebridge.net">Bio@lists.noisebridge.net</a><br>> <a rel="nofollow"

 target="_blank" href="https://www.noisebridge.net/mailman/listinfo/bio">https://www.noisebridge.net/mailman/listinfo/bio</a><br>><br>><br>> End of Bio Digest, Vol 8, Issue 2<br>> *********************************<br>><br>-------------- next part --------------<br>An HTML attachment was scrubbed...<br>URL: http://www.noisebridge.net/pipermail/bio/attachments/20111108/63292c4a/attachment-0001.htm <br><br>------------------------------<br><br>Message: 2<br>Date: Tue, 8 Nov 2011 20:36:14 -0800 (PST)<br>From: Roger H <<a rel="nofollow" ymailto="mailto:domitron@yahoo.com" target="_blank" href="mailto:domitron@yahoo.com">domitron@yahoo.com</a>><br>Subject: [Bio] pH discovery that explains why my Stipticus experiments<br>    are    probably failing<br>To: Rikke Rasmussen <<a rel="nofollow" ymailto="mailto:rikke.c.rasmussen@gmail.com" target="_blank"

 href="mailto:rikke.c.rasmussen@gmail.com">rikke.c.rasmussen@gmail.com</a>>,    Matthew Downs<br>    <<a rel="nofollow" ymailto="mailto:downs.matt@gmail.com" target="_blank" href="mailto:downs.matt@gmail.com">downs.matt@gmail.com</a>><br>Cc: "<a rel="nofollow" ymailto="mailto:tastebridge@lists.noisebridge.net" target="_blank" href="mailto:tastebridge@lists.noisebridge.net">tastebridge@lists.noisebridge.net</a>"<br>    <<a rel="nofollow" ymailto="mailto:tastebridge@lists.noisebridge.net" target="_blank" href="mailto:tastebridge@lists.noisebridge.net">tastebridge@lists.noisebridge.net</a>>,    "<a rel="nofollow" ymailto="mailto:bio@lists.noisebridge.net" target="_blank" href="mailto:bio@lists.noisebridge.net">bio@lists.noisebridge.net</a>"<br>    <<a rel="nofollow" ymailto="mailto:bio@lists.noisebridge.net" target="_blank"

 href="mailto:bio@lists.noisebridge.net">bio@lists.noisebridge.net</a>><br>Message-ID:<br>    <<a rel="nofollow" ymailto="mailto:1320813374.28901.YahooMailNeo@web83008.mail.mud.yahoo.com" target="_blank" href="mailto:1320813374.28901.YahooMailNeo@web83008.mail.mud.yahoo.com">1320813374.28901.YahooMailNeo@web83008.mail.mud.yahoo.com</a>><br>Content-Type: text/plain;

 charset="iso-8859-1"<br><br>I believe I have discovered my mistake in growing the Stipticus. The starting pH of a wood-decomposing substrate should be higher than the growth pH.? White-rot wood-rotting fungi such as Stipticus decrease pH through the release of oxalic acid.? The starting pH in the research paper I found online* suggests that the fungi is well accustomed to a starting wood pH of around 5.1, which a white-rot fungus takes to 3.9 (ideal is 3.5-3.8 in this species).? Thus by me starting the pH of the liquid culture at 3.8, the fungus probably cannot grow to release oxalic acid to lower the pH as it does in nature.? And my Burning Man 2007 bags DID start at a pH of about 5, actually by mistake according to my notes!? So, I think I have solved the problem of why nothing is working when I lower the pH to the optimal growth pH.? I will start a new liquid culture at a pH of 5.0 and bags accordingly and allow the fungus to lower the pH to the

 ideal growth level as it<br> does in nature.<br><br><br>Roger<br><br>* See: http://les.bf.uni-lj.si/fileadmin/datoteke_asistentov/mhumar/clanki/2001_pHafterdecay_holz_als_roh.pdf<br><br>PSS - A 4% dextrose/light malt liquid culture as I was using is around 5.3 pH without anything added.? Under these conditions the mycelium was growing very well, which correlates with my hunch that I should not be dropping the pH to the optimal growth-stage pH but rather let the mycelium handle the drop.<br>-------------- next part --------------<br>An HTML attachment was scrubbed...<br>URL: http://www.noisebridge.net/pipermail/bio/attachments/20111108/6da11a48/attachment-0001.htm <br><br>------------------------------<br><br>Message: 3<br>Date: Tue, 8 Nov 2011 22:36:50 -0800<br>From: miloh <<a rel="nofollow" ymailto="mailto:froggytoad@gmail.com" target="_blank" href="mailto:froggytoad@gmail.com">froggytoad@gmail.com</a>><br>Subject: Re: [Bio] pH discovery that

 explains why my

 Stipticus<br>    experiments are probably failing<br>To: Roger H <<a rel="nofollow" ymailto="mailto:domitron@yahoo.com" target="_blank" href="mailto:domitron@yahoo.com">domitron@yahoo.com</a>><br>Cc: "<a rel="nofollow" ymailto="mailto:bio@lists.noisebridge.net" target="_blank" href="mailto:bio@lists.noisebridge.net">bio@lists.noisebridge.net</a>" <<a rel="nofollow" ymailto="mailto:bio@lists.noisebridge.net" target="_blank" href="mailto:bio@lists.noisebridge.net">bio@lists.noisebridge.net</a>>,<br>    "<a rel="nofollow" ymailto="mailto:tastebridge@lists.noisebridge.net" target="_blank" href="mailto:tastebridge@lists.noisebridge.net">tastebridge@lists.noisebridge.net</a>"<br>    <<a rel="nofollow" ymailto="mailto:tastebridge@lists.noisebridge.net" target="_blank" href="mailto:tastebridge@lists.noisebridge.net">tastebridge@lists.noisebridge.net</a>>,    Matthew

 Downs<br>    <<a rel="nofollow" ymailto="mailto:downs.matt@gmail.com" target="_blank" href="mailto:downs.matt@gmail.com">downs.matt@gmail.com</a>><br>Message-ID:<br>   

 <CAE4k+<a rel="nofollow" ymailto="mailto:fsW0C_zOfeOy3jo6UiK8AZH58LGfw5OXTmzqGS0EuVvtA@mail.gmail.com" target="_blank" href="mailto:fsW0C_zOfeOy3jo6UiK8AZH58LGfw5OXTmzqGS0EuVvtA@mail.gmail.com">fsW0C_zOfeOy3jo6UiK8AZH58LGfw5OXTmzqGS0EuVvtA@mail.gmail.com</a>><br>Content-Type: text/plain; charset="iso-8859-1"<br><br>Is it me, or is 3 a hella low ph?<br><br>Good notekeeping!<br>On Nov 8, 2011 8:36 PM, "Roger H" <<a rel="nofollow" ymailto="mailto:domitron@yahoo.com" target="_blank" href="mailto:domitron@yahoo.com">domitron@yahoo.com</a>> wrote:<br><br>> I believe I have discovered my mistake in growing the Stipticus. The<br>> starting pH of a wood-decomposing substrate should be higher than the<br>> growth pH.  White-rot wood-rotting fungi such as Stipticus decrease pH<br>> through the release of oxalic acid.  The starting pH in the research paper<br>> I found online* suggests that the fungi is well accustomed to a

 starting<br>> wood pH of around 5.1, which a white-rot fungus

 takes to 3.9 (ideal is<br>> 3.5-3.8 in this species).  Thus by me starting the pH of the liquid culture<br>> at 3.8, the fungus probably cannot grow to release oxalic acid to lower the<br>> pH as it does in nature.  And my Burning Man 2007 bags DID start at a pH of<br>> about 5, actually by mistake according to my notes!  So, I think I have<br>> solved the problem of why nothing is working when I lower the pH to the<br>> optimal growth pH.  I will start a new liquid culture at a pH of 5.0 and<br>> bags accordingly and allow the fungus to lower the pH to the ideal growth<br>> level as it does in nature.<br>><br>> Roger<br>><br>> * See:<br>> <a rel="nofollow" target="_blank"

 href="http://les.bf.uni-lj.si/fileadmin/datoteke_asistentov/mhumar/clanki/2001_pHafterdecay_holz_als_roh.pdf">http://les.bf.uni-lj.si/fileadmin/datoteke_asistentov/mhumar/clanki/2001_pHafterdecay_holz_als_roh.pdf</a><br>><br>> PSS - A

 4% dextrose/light malt liquid culture as I was using is around 5.3<br>> pH without anything added.  Under these conditions the mycelium was growing<br>> very well, which correlates with my hunch that I should not be dropping the<br>> pH to the optimal growth-stage pH but rather let the mycelium handle the<br>> drop.<br>><br>><br>> _______________________________________________<br>> Bio mailing list<br>> <a rel="nofollow" ymailto="mailto:Bio@lists.noisebridge.net" target="_blank" href="mailto:Bio@lists.noisebridge.net">Bio@lists.noisebridge.net</a><br>> <a rel="nofollow" target="_blank" href="https://www.noisebridge.net/mailman/listinfo/bio">https://www.noisebridge.net/mailman/listinfo/bio</a><br>><br>><br>-------------- next part --------------<br>An HTML attachment was scrubbed...<br>URL: http://www.noisebridge.net/pipermail/bio/attachments/20111108/acdadb6f/attachment-0001.htm

 <br><br>------------------------------<br><br>Message: 4<br>Date: Wed, 9 Nov

 2011 01:04:12 -0800 (PST)<br>From: Roger H <<a rel="nofollow" ymailto="mailto:domitron@yahoo.com" target="_blank" href="mailto:domitron@yahoo.com">domitron@yahoo.com</a>><br>Subject: Re: [Bio] pH discovery that explains why my Stipticus<br>    experiments    are probably failing<br>To: miloh <<a rel="nofollow" ymailto="mailto:froggytoad@gmail.com" target="_blank" href="mailto:froggytoad@gmail.com">froggytoad@gmail.com</a>><br>Cc: "<a rel="nofollow" ymailto="mailto:bio@lists.noisebridge.net" target="_blank" href="mailto:bio@lists.noisebridge.net">bio@lists.noisebridge.net</a>" <<a rel="nofollow" ymailto="mailto:bio@lists.noisebridge.net" target="_blank" href="mailto:bio@lists.noisebridge.net">bio@lists.noisebridge.net</a>>,<br>    "<a rel="nofollow" ymailto="mailto:tastebridge@lists.noisebridge.net" target="_blank"

 href="mailto:tastebridge@lists.noisebridge.net">tastebridge@lists.noisebridge.net</a>"<br>    <<a rel="nofollow" ymailto="mailto:tastebridge@lists.noisebridge.net" target="_blank" href="mailto:tastebridge@lists.noisebridge.net">tastebridge@lists.noisebridge.net</a>>,    Matthew Downs<br>    <<a rel="nofollow" ymailto="mailto:downs.matt@gmail.com" target="_blank" href="mailto:downs.matt@gmail.com">downs.matt@gmail.com</a>><br>Message-ID:<br>    <<a rel="nofollow" ymailto="mailto:1320829452.31402.YahooMailNeo@web83006.mail.mud.yahoo.com" target="_blank" href="mailto:1320829452.31402.YahooMailNeo@web83006.mail.mud.yahoo.com">1320829452.31402.YahooMailNeo@web83006.mail.mud.yahoo.com</a>><br>Content-Type: text/plain; charset="iso-8859-1"<br><br>3.8 is more acidic than even orange juice and would kill many bacteria and fungi.? It also is the ideal pH for this species but apparently

 the substrate is turned that low by the mycelium in time, not that the original substrate should be that low.? That was the part I did not get originally.? The pH of the substrate should not be that low initially.?

 <br><br><br>Roger<br><br><br><br>________________________________<br>From: miloh <<a rel="nofollow" ymailto="mailto:froggytoad@gmail.com" target="_blank" href="mailto:froggytoad@gmail.com">froggytoad@gmail.com</a>><br>To: Roger H <<a rel="nofollow" ymailto="mailto:domitron@yahoo.com" target="_blank" href="mailto:domitron@yahoo.com">domitron@yahoo.com</a>><br>Cc: Rikke Rasmussen <<a rel="nofollow" ymailto="mailto:rikke.c.rasmussen@gmail.com" target="_blank" href="mailto:rikke.c.rasmussen@gmail.com">rikke.c.rasmussen@gmail.com</a>>; "<a rel="nofollow" ymailto="mailto:bio@lists.noisebridge.net" target="_blank" href="mailto:bio@lists.noisebridge.net">bio@lists.noisebridge.net</a>" <<a rel="nofollow" ymailto="mailto:bio@lists.noisebridge.net" target="_blank" href="mailto:bio@lists.noisebridge.net">bio@lists.noisebridge.net</a>>; "<a rel="nofollow" ymailto="mailto:tastebridge@lists.noisebridge.net" target="_blank"

href="mailto:tastebridge@lists.noisebridge.net">tastebridge@lists.noisebridge.net</a>" <<a rel="nofollow" ymailto="mailto:tastebridge@lists.noisebridge.net" target="_blank" href="mailto:tastebridge@lists.noisebridge.net">tastebridge@lists.noisebridge.net</a>>; Matthew Downs <<a rel="nofollow" ymailto="mailto:downs.matt@gmail.com" target="_blank" href="mailto:downs.matt@gmail.com">downs.matt@gmail.com</a>> Sent: Tuesday, November 8, 2011 10:36 PM Subject: Re: [Bio] pH discovery that explains why my Stipticus experiments are probably failing Is it me, or is 3 a hella low ph? Good notekeeping! On Nov 8, 2011 8:36 PM, "Roger H" <<a rel="nofollow" ymailto="mailto:domitron@yahoo.com" target="_blank" href="mailto:domitron@yahoo.com">domitron@yahoo.com</a>> wrote: I believe I have discovered my mistake in growing the Stipticus. The starting pH of a wood-decomposing substrate should be higher than the growth pH.?

 White-rot wood-rotting fungi such as Stipticus decrease pH through the release of oxalic acid.? The starting pH in the research paper I found online* suggests that the fungi is well accustomed to a starting wood pH of around 5.1, which a

 white-rot fungus takes to 3.9 (ideal is 3.5-3.8 in this species).? Thus by me starting the pH of the liquid culture at 3.8, the fungus probably cannot grow to release oxalic acid to lower the pH as it does in nature.? And my Burning Man 2007 bags DID start at a pH of about 5, actually by mistake according to my notes!? So, I think I have solved the problem of why nothing is working when I lower the pH to the optimal growth pH.? I will start a new liquid culture at a pH of 5.0 and bags accordingly and allow the fungus to lower the pH to the ideal growth level as it<br> does in nature.<br>><br>><br>><br>>Roger<br>><br>><br>>* See: <a rel="nofollow" target="_blank" href="http://les.bf.uni-lj.si/fileadmin/datoteke_asistentov/mhumar/clanki/2001_pHafterdecay_holz_als_roh.pdf">http://les.bf.uni-lj.si/fileadmin/datoteke_asistentov/mhumar/clanki/2001_pHafterdecay_holz_als_roh.pdf</a><br>><br>><br>>PSS - A 4% dextrose/light malt

 liquid culture as I

 was using is around 5.3 pH without anything added.? Under these conditions the mycelium was growing very well, which correlates with my hunch that I should not be dropping the pH to the optimal growth-stage pH but rather let the mycelium handle the drop.<br>><br>><br>>_______________________________________________<br>>Bio mailing list<br>><a rel="nofollow" ymailto="mailto:Bio@lists.noisebridge.net" target="_blank" href="mailto:Bio@lists.noisebridge.net">Bio@lists.noisebridge.net</a><br>><a rel="nofollow" target="_blank" href="https://www.noisebridge.net/mailman/listinfo/bio">https://www.noisebridge.net/mailman/listinfo/bio</a><br>><br>><br>-------------- next part --------------<br>An HTML attachment was scrubbed...<br>URL: http://www.noisebridge.net/pipermail/bio/attachments/20111109/f31e864d/attachment.htm <br><br>------------------------------<br><br>_______________________________________________<br>Bio mailing list<br><a

 rel="nofollow" ymailto="mailto:Bio@lists.noisebridge.net" target="_blank" href="mailto:Bio@lists.noisebridge.net">Bio@lists.noisebridge.net</a><br><a rel="nofollow" target="_blank" href="https://www.noisebridge.net/mailman/listinfo/bio">https://www.noisebridge.net/mailman/listinfo/bio</a><br><br><br>End of Bio Digest, Vol 8, Issue 3<br>*********************************<br><br><br></div></div></div></div></div><br><br></div></div></div></body></html>